ビフィズス菌とは何か——「腸にいい菌」の中身を科学的に整理する｜千里丘かがやきクリニック

2026年9月25日

腸内細菌

Bifidobacteria

「腸にいい菌」の中身を科学的に整理する

執筆：千里丘かがやきクリニック院長有光潤介／公開日：2026年9月25日

ヨーグルトの表示でおなじみの名前です。けれど、それがどんな菌で、腸の中で何をしているのかまで説明できる方は、あまり多くありません。

ビフィズス菌は、健康食品の宣伝文句としてだけでなく、腸内細菌の研究分野でも中心的なテーマのひとつです。何がわかっていて、何がまだわかっていないのか。その線引きを整理してみます。

Point

この記事のポイント

ビフィズス菌は乳酸菌とは別系統の菌で、大腸で酢酸を作ります
乳児期にもっとも多く、離乳後から加齢とともに減っていきます
効果は菌株ごとに異なり、食べた菌は基本的に腸に定着しません

そもそも、どんな菌なのか

ビフィズス菌は、Bifidobacterium（ビフィドバクテリウム）属に分類される細菌グループの総称です。ひとつの菌の名前ではありません。

放線菌門に属するグラム陽性菌で、酸素があると生きられない偏性嫌気性菌です。だから本来のすみかは、酸素の乏しい大腸の奥になります。現在、80を超える種・亜種が報告されています^[1]。

ヒトの腸から見つかるものだけでも Bifidobacterium longum、B. breve、B. bifidum、B. adolescentis など複数あり、ヒトに定着するタイプは、ヒトの腸という環境に合わせて進化してきたと考えられています^[3]。

「乳酸菌」とは別のものです

ここは誤解されやすいところです。乳酸菌というのは分類学上のグループ名ではなく、糖から乳酸を多く作る菌をまとめて呼ぶ機能的な呼び名で、ビフィズス菌はそこに含まれません。系統的にも、かなり離れた菌です。

決定的な違いは、作り出す物質にあります。ビフィズス菌はビフィズスシャントと呼ばれる独特の代謝経路を持ち、糖1分子から理論上、酢酸1.5分子と乳酸1分子を作ります^[2]。乳酸だけでなく、酢酸を大量に出す。この違いが、あとで述べる働きにつながっていきます。

赤ちゃんの腸は、ビフィズス菌だらけ

母乳で育つ乳児では、ビフィズス菌が腸内でもっとも多くを占める細菌になります^[1]。

理由は母乳の成分にあります。母乳には、赤ちゃん自身では消化できないオリゴ糖（ヒトミルクオリゴ糖）が大量に含まれていて、ビフィズス菌の一部はこれを分解して利用する遺伝子群を備えています^[1]^[3]。赤ちゃんが消化できない糖を、わざわざ母乳に入れている。そういう見方もできます。

加齢とともに、減っていく

離乳を境に、状況は変わります。0歳から104歳までの日本人367人の便を解析した研究では、ビフィズス菌が属する放線菌門の割合が離乳後に大きく下がり、その後も加齢とともに減り続けました^[4]。

研究の種類横断研究／対象健康な日本人367人（0〜104歳）

同じ研究では、日本人成人（21〜69歳）のビフィズス菌の割合が中央値7％（四分位範囲2〜14％）と報告されています。米国、コロンビア、韓国、中国、アイルランドなどの報告では2％未満とされており、日本人の腸内細菌の特徴かもしれないと論文では述べられています^[4]。

働き① 酢酸が、腸のバリアを助ける

マウスを使った実験で、ビフィズス菌が作る酢酸が腸の上皮細胞を保護し、腸管出血性大腸菌O157による致死的な感染を防ぐことが示されました^[5]。

研究の種類動物実験／無菌マウスに特定のビフィズス菌を定着させた検討

菌そのものが病原菌と戦うのではなく、菌の代謝産物が宿主側の防御機構を後押しする。そういう構図です。ヒトでそのまま同じことが起きるとは限りませんが、酢酸が単なる副産物ではないと示した点で、意義のある研究です。

働き② ほかの菌の酪酸産生を支える

ビフィズス菌が出した酢酸は、別の腸内細菌が酪酸を作るための材料になります。実際、ビフィズス菌と酪酸産生菌を一緒に培養すると、酢酸が消費されて酪酸が増えることが確認されています^[6]。

腸内細菌はそれぞれ独立に働いているのではなく、代謝物を受け渡すネットワークを作っています。ビフィズス菌を増やす意味は、その菌自体の働きだけにとどまりません。

働き③ お通じへの影響

成人の機能性便秘を対象としたランダム化比較試験14件（1182人）のメタ解析では、プロバイオティクス全体で腸管通過時間が平均12.4時間短縮し、排便回数が週1.3回増えました^[7]。

研究の種類系統的レビューとメタ解析／対象ランダム化比較試験14件、1182人

菌種別に見ると、効果が有意だったのは Bifidobacterium lactis で、Lactobacillus casei Shirota では有意差がありませんでした。ただし著者自身が、研究間のばらつきとバイアスリスクの大きさから慎重な解釈が必要だと述べています^[7]。

増やすには、二つの道がある

ひとつは、餌を与えて、もともと自分の腸にいるビフィズス菌を増やすやり方です。オリゴ糖や食物繊維がこれにあたり、こうした成分はプレバイオティクスと呼ばれます^[8]。健康な成人を対象とした64試験・2099人のメタ解析では、食物繊維の摂取で便中のビフィズス菌が有意に増加しました。とくに効果がはっきりしていたのは、フルクタン類とガラクトオリゴ糖です^[9]。

もうひとつは、菌そのものを食べる方法です。十分な量を摂ったときに健康上の利益をもたらす生きた微生物を、プロバイオティクスと呼びます^[10]。ヨーグルトや発酵乳、サプリメントがこれにあたります。

項目	プレバイオティクス	プロバイオティクス
正体	腸内細菌の餌になる成分（オリゴ糖、食物繊維など）	生きた菌そのもの
定義	宿主の微生物に選択的に利用され、健康上の利益をもたらす基質	十分な量を摂取したときに健康上の利益をもたらす生きた微生物
増える菌	もともと自分の腸にいる菌	外から入れた菌（定着はしにくい）
根拠の例	食物繊維の摂取で便中ビフィズス菌が有意に増加	便秘への効果は菌種・菌株によって差がある
身近な例	玉ねぎ、ごぼう、大麦、豆類	ヨーグルト、発酵乳、サプリメント

参考文献7〜11をもとに作成。スマートフォンでは表を横にスクロールできます。

フルクタン（イヌリンやフラクトオリゴ糖）を比較的多く含む食品として、玉ねぎ、ごぼう、大麦、小麦製品などが挙げられます。特別なものを買わなくても、日々の食事で増やせる余地は十分にあります。

期待しすぎないために

知っておいたほうがいいことが、三つあります。

ひとつめ。効果は菌株ごとに違います。同じ Bifidobacterium longum でも株が違えば持っている遺伝子が異なり^[3]、ある株で示された結果を別の株にそのまま当てはめることはできません。製品を選ぶなら「ビフィズス菌入り」ではなく、菌株名と、その株で行われた研究を見るのが本来の筋です。

ふたつめ。食べた菌は、基本的に定着しません。11株のプロバイオティクスを健康な人に投与し、内視鏡で腸粘膜を直接調べた研究では、定着の程度が人によって大きく異なりました。もともとの腸内細菌叢が、外から来た菌を受け入れるかどうかを左右していたのです^[11]。効果を期待するなら、続けて摂ることが前提になります。

研究の種類介入研究／内視鏡で腸粘膜を直接採取して評価

みっつめ。同じ研究では、便を調べても腸粘膜で何が起きているかは判別できませんでした^[11]。便の検査でわかるのは、あくまで便の中の菌の構成です。そこから粘膜の状態まで読み取れるわけではない、と考えておいたほうが無難でしょう。

安全性について

健康な方が食品として摂る範囲では、重い有害事象の報告はほとんどありません。先ほどの便秘のメタ解析でも、重篤な有害事象は報告されていませんでした^[7]。

ただし例外があります。米国FDAは2023年、早産児へのプロバイオティクス投与について医療者向けの警告を出しました。Bifidobacterium longum subsp. infantis を含む製品を投与された極低出生体重児が敗血症を起こして死亡し、遺伝子解析で製品中の菌との一致が確認された事例です^[12]。免疫が低下している方、重症の基礎疾患がある方、極低出生体重児では、生きた菌を摂ること自体がリスクになり得ます。自己判断はせず、主治医にご相談ください。

食事の問題として片づけないでほしい症状

排便の様子が、ここ数か月で急に変わった
血便が出た、または便が黒い
意図せず体重が減ってきた
おなかの症状に加えて、発熱や強い痛みがある

こうした症状があるときは、腸内細菌の話とは切り離して、原因を調べる必要があります。ヨーグルトやサプリメントで様子を見るのではなく、早めに医療機関を受診してください。

よくあるご質問

ヨーグルトを食べれば、ビフィズス菌は腸に住み着きますか？

基本的には住み着きません。腸を通過するあいだに働き、やがて排出されていきます。定着の程度には個人差が大きいことも報告されています。だからこそ、一度にたくさん摂るより、続けることに意味があります。

「ビフィズス菌入り」と書いてあれば、どれも同じですか？

同じではありません。効果は菌株ごとに異なり、同じ種でも株が違えば持っている遺伝子が違います。菌株名まで表示されている製品を選び、その株でどんな研究が行われているかを確認するのが本来の考え方です。

サプリメントと食事、どちらを優先すべきですか？

まずは食事です。食物繊維やオリゴ糖を日常的にとることで、もともと自分の腸にいる菌が増えることは、ヒトを対象とした研究で確かめられています。そのうえで、ヨーグルトなどを習慣にする。この順序をおすすめします。

当院でのサポート

当院は消化器内視鏡と消化器病の専門医が在籍する内科診療所です。便秘や下痢、おなかの張りといった症状のご相談を日常的にお受けしており、必要に応じて大腸内視鏡検査も行っています（AI診断支援システムを併用しています）。

管理栄養士4名が在籍していますので、食物繊維のとり方を含めた食事のご相談にも対応できます。ご自身の腸内細菌の構成を知りたい方には、自費診療として腸内フローラ検査（マイキンソープロ）もご用意しています。

この記事は一般的な情報提供を目的としたものです。個別の診断や治療については、医師にご相談ください。

Series

腸内細菌シリーズ（全5回＋総まとめ）

ビフィズス菌とは何か（この記事）乳酸菌との違い、酢酸の働き、加齢による減少
酪酸菌とは何か大腸の細胞を養う酪酸、整腸剤の酪酸菌との違い
乳酸菌とは何か2020年の分類再編、効く場面と効かない場面
糖化菌とは何か枯草菌と納豆菌、ほかの菌を助ける役割
耐性乳酸菌製剤とは何か抗菌薬と併用する整腸剤の仕組みと限界
総まとめ：5つの菌をどう考えるかシリーズの要点と早見表

参考文献

Bifidobacterium bifidum: A Key Member of the Early Human Gut Microbiota著者：Turroni F, Duranti S, Milani C, Lugli GA, van Sinderen D, Ventura M雑誌：Microorganisms. 2019;7(11):544発行日：2019年11月9日DOI：10.3390/microorganisms7110544要約：Bifidobacterium属の総説。放線菌門に属し80を超える種・亜種が存在すること、母乳栄養児の腸内で最も多くを占めること、宿主由来の糖鎖を分解して利用する能力を持つことを解説している。
Carbohydrate metabolism in Bifidobacteria著者：Pokusaeva K, Fitzgerald GF, van Sinderen D雑誌：Genes Nutr. 2011;6(3):285-306発行日：2011年8月DOI：10.1007/s12263-010-0206-6要約：ビフィズス菌の糖代謝に関する総説。ビフィズスシャントと呼ばれる独自の経路により、糖1分子から理論上1.5分子の酢酸と1分子の乳酸を産生することや、菌株ごとの糖利用能の違いを詳述している。
Insights into the reason of Human-Residential Bifidobacteria (HRB) being the natural inhabitants of the human gut and their potential health-promoting benefits著者：Wong CB, Odamaki T, Xiao JZ雑誌：FEMS Microbiol Rev. 2020;44(3):369-385発行日：2020年5月DOI：10.1093/femsre/fuaa010要約：ヒト常在型ビフィズス菌がなぜヒトの腸に適応しているのかを論じた総説。宿主との共進化、母乳オリゴ糖を利用する遺伝的特性、菌株レベルの多様性とプロバイオティクス株選択の考え方を整理している。
Age-related changes in gut microbiota composition from newborn to centenarian: a cross-sectional study著者：Odamaki T, Kato K, Sugahara H, ほか（最終著者 Osawa R）雑誌：BMC Microbiol. 2016;16:90発行日：2016年5月25日DOI：10.1186/s12866-016-0708-5要約：0〜104歳の健康な日本人367人の便を16S rRNA解析した横断研究。放線菌門は離乳後に大きく減り加齢とともに低下し続けた。日本人成人のビフィズス菌は中央値7％で、諸外国の報告より高かった。
Bifidobacteria can protect from enteropathogenic infection through production of acetate著者：Fukuda S, Toh H, Hase K, ほか（最終著者 Ohno H）雑誌：Nature. 2011;469(7331):543-547発行日：2011年1月27日DOI：10.1038/nature09646要約：ノトバイオートマウスを用いた研究。ビフィズス菌が産生する酢酸が腸管上皮のバリア機能を高め、腸管出血性大腸菌O157による致死的な感染から宿主を守ることを、統合的なオミクス解析で示した。
Cross-feeding between Bifidobacterium longum BB536 and acetate-converting, butyrate-producing colon bacteria during growth on oligofructose著者：Falony G, Vlachou A, Verbrugghe K, De Vuyst L雑誌：Appl Environ Microbiol. 2006;72(12):7835-7841発行日：2006年12月DOI：10.1128/AEM.01296-06要約：共培養実験。ビフィズス菌がオリゴ糖から産生した酢酸を酪酸産生菌が取り込んで酪酸に変換する、腸内細菌どうしのクロスフィーディングを実証した研究。
The effect of probiotics on functional constipation in adults: a systematic review and meta-analysis of randomized controlled trials著者：Dimidi E, Christodoulides S, Fragkos KC, Scott SM, Whelan K雑誌：Am J Clin Nutr. 2014;100(4):1075-1084発行日：2014年10月DOI：10.3945/ajcn.114.089151要約：ランダム化比較試験14件1182人のメタ解析。腸管通過時間が平均12.4時間短縮し排便回数が週1.3回増加した。菌種別ではBifidobacterium lactisで有意。重篤な有害事象の報告はなかった。
Expert consensus document: The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of prebiotics著者：Gibson GR, Hutkins R, Sanders ME, ほか（最終著者 Reid G）雑誌：Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2017;14(8):491-502発行日：2017年8月DOI：10.1038/nrgastro.2017.75要約：国際学会による合意文書。プレバイオティクスを「宿主の微生物に選択的に利用され、健康上の利益をもたらす基質」と定義し直し、適用範囲と、健康影響の実証が要件であることを示した。
Dietary fiber intervention on gut microbiota composition in healthy adults: a systematic review and meta-analysis著者：So D, Whelan K, Rossi M, ほか（最終著者 Campbell KL）雑誌：Am J Clin Nutr. 2018;107(6):965-983発行日：2018年6月1日DOI：10.1093/ajcn/nqy041要約：健康な成人を対象としたランダム化比較試験64件2099人のメタ解析。食物繊維の摂取で便中のビフィズス菌が有意に増加した。とくにフルクタン類とガラクトオリゴ糖で効果が明確だった。
Expert consensus document. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic著者：Hill C, Guarner F, Reid G, ほか（最終著者 Sanders ME）雑誌：Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2014;11(8):506-514発行日：2014年8月DOI：10.1038/nrgastro.2014.66要約：国際学会による合意文書。プロバイオティクスを「十分な量を摂取したときに宿主に健康上の利益をもたらす生きた微生物」とするFAO/WHOの定義を再確認し、用語の適切な使い方を整理した。
Personalized Gut Mucosal Colonization Resistance to Empiric Probiotics Is Associated with Unique Host and Microbiome Features著者：Zmora N, Zilberman-Schapira G, Suez J, ほか（最終著者 Elinav E）雑誌：Cell. 2018;174(6):1388-1405.e21発行日：2018年9月6日DOI：10.1016/j.cell.2018.08.041要約：11株のプロバイオティクスを投与し、内視鏡で腸粘膜を直接採取して評価した研究。定着の程度は人・部位・菌株ごとに大きく異なり、便の検査からは粘膜の状態を判別できなかった。
FDA Raises Concerns About Probiotic Products Sold for Use in Hospitalized Preterm Infants著者：U.S. Food and Drug Administration（米国食品医薬品局）媒体：FDAウェブサイト（News Release）発行日：2023年9月29日URL：https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-raises-concerns-about-probiotic-products-sold-use-hospitalized-preterm-infants要約：早産児へのプロバイオティクス使用に関する安全性通知。B. longum subsp. infantisを含む製品を投与された極低出生体重児が敗血症で死亡し、遺伝子解析で製品中の菌と一致したことを報告した。